Se di antichissimi insediamenti umani si hanno precise ed importanti testimonianze a Levanzo ed in misura minore a Favignana, poche e relativamente più recenti sono le tracce della prima frequentazione dell'isola di Marettimo. Ciò è la conseguenza del fatto che, come già detto, le prime due isole rimasero collegate alla Sicilia sino all'ultima glaciazione, da un ponte naturale attraverso il quale giunsero, nel paleolitico, i primi uomini, mentre solamente nel neolitico - quando essi impararono a navigare - ebbe inizio la presenza umana a Marettimo.
Quei primi, antichissimi abitatori che pochi segni lasciarono a Favignana - numerose grotte che si aprono nella Montagna Grossi furono usate come ripari - superarono se stessi a Levanzo, dove, nella grotta dei Genovesi, incisero e dipinsero ciò che oggi rappresenta un vero e proprio tesoro archeologico.

In un antro che si apre a Nord-Ovest de. piccolo abitato (raggiungibile a piedi o ir barca), sopra l'omonima cala, sono, infatti i due cicli di arte parietale che raffigurano incisi e dipinti, diversi animali del quaternario (Cervus elephas, Bos primigenius, Equus hydruntinus) ed alcune figure umane recanti maschere che rappresentano teste di uccelli - simili a quelle dell'Addaura, a Palermo - e, quindi, un secondo gruppo di figure, solamente dipinte, probabilmente più recenti delle precedenti. Colorate in nero e rosso, esse rappresentano alcuni uomini, donne, mammiferi e pesci, tra i quali il Tonno che, per secoli e secoli ha segnato la vita e la cultura degli egusei. A giusta ragione le immagini rupestri di Levanzo sono considerate vere espressioni d'arte d'alto valore, sia per la felice resa dello scorcio che per la plasticità dell'insieme.
Alte grotte, nella stessa isola (Crollata, di Punta Capperi, dei Porci, di Cala Tramontana, Grande, etc.) hanno restituito interessante e copioso materiale prevalentemente risalente al Paleolitico superiore. Aldilà del mito omerico - Ulisse descrive ad Alcinoo, in un brano dell'Odissea, la mitica isola delle capre, Favignana - dei successivi, antichi periodi storici - le cui vicende sono generalmente comuni a quelle del versante occidentale della Sicilia - rimangono, sulle tre isole, solamente pochi segni: a Favignana, sede di un insediamento fenicio-punico attestato da Tucidide, un'iscrizione sulla parete di un ipogeo ed i resti di un cimitero paleocristiano; a Marettimo, appena sopra l'abitato, i ruderi di una struttura risalente ai Romani - che conquistarono le isole nel 241 a.C., dopo la vittoriosa battaglia navale conseguita in quelle acque da Lutazio Catulo sulla flotta cartaginese, a conclusione della I Guerra Punica - ed una piccola chiesa, probabilmente di epoca normanna, addossata ai resti romani. Successivamente, le isole furono conquistate prima dai Barbari - Vandali e Goti - e, nel IX sec., dai Saraceni i quali vi costruirono alcune torri di avvistamento.

Cacciati i Saraceni nel 1081, i Normanni realizzarono sull'isola maggiore un borgo medievale munito di poderose difese di cui rimangono, oggi, i resti dei forti di S. Giacomo, rimaneggiato nel XV sec., e di Santa Caterina. Notevole interesse riveste quest'ultima costruzione che sorge sul sito di una preesistente torre saracena, sulla vetta più alta dell'isola. Della fortezza, fatta realizzare da Ruggero, re dei Normanni, ed in parte rimaneggiata in epoca aragonese, residuano oggi cospicui e suggestivi resti. Seguirono, ancora, gli Svevi e, quindi, gli Angioini, sotto i quali vennero impiantate a Favignana le prime due tonnare, di San Leonardo e San Nicolò. Dalla metà del sec. XVI, dopo un lungo periodo di decadenza, le isole appartennero ai Pallavicini-Rusconi di Genova, e, dal 1874, ai Florio, coi quali le antiche tonnare, oltre allo stesso abitato di Favignana, raggiunsero il massimo splendore.

 A quell'epoca, risalgono la costruzione del villino Florio, un elegante e raffinato edificio in stile Liberty, progettato da Damiani Almeyda nel 1876 e, lungo il lato occidentale del porto, i nuovi, grandi edifici della tonnara, la più importante della Sicilia. Altri monumenti di rilievo sono la settecentesca Chiesa Madre di Favignana e, a Marettimo, i suggestivi resti di un forte di epoca borbonica, sulla Punta Troia.