Le isolette dello Stagnone, prospicienti la costa siciliana a breve distanza da Marsala, offrono aspetti naturalistici peculiari legati alle loro particolari condizioni ambientali. La conformazione pianeggiante non consente infatti agli organismi vegetali ed animali che le popolano alcun riparo dagli agenti climatici che, soprattutto nel periodo più caldo dell'anno, sono severissimi.
La pronunciata aridità ed insolazione estiva, insieme all'azione dei venti marini ed alla salinità dei suoli, hanno favorito l'insediamento di una vegetazione adattata ad habitat difficili, costituita in prevalenza da piante che riescono a sopravvivere in suoli imbevuti di acqua salata, le cosiddette «alofite». Queste piante hanno sviluppato particolari adattamenti per assorbire ed immagazzinare acqua in tutto simili a quelli delle piante dei deserti. Le piane e le depressioni periodicamente allagate dalle acque salmastre costituiscono infatti un ambiente in cui l'approvvigionamento idrico è possibile solo a specie vegetali che abbiano forti soluzioni saline disciolte all'interno delle proprie cellule.
Il territorio delle tre isole principali, (Santa Maria, San Pantaleo ed Isola Grande) appare comunque fortemente modificato dall'uomo che ne ha utilizzato vaste estensioni per la coltura della Vite, dell'Ulivo e dell'Agave. Buona parte dell'Isola Grande è inoltre occupata da saline. L'interesse venatorio dei proprietari delle tre principali isole ha fatto si che venissero immessi numerosi Conigli selvatici, le cui popolazioni oggi però compromettono seriamente la vegetazione. Sulle isole sono anche presenti numerose Lucertole campestri, nonché Pipistrelli albolimbati e nani.
Le isole dello Stagnone permettono la nidificazione di varie specie di uccelli fra le quali il Cavaliere d'Italia, il Fratino e il Fraticello.
 

AVOCETTA

AGAVE

CAVALIERE D'ITALIA

Gli ambienti salmastri, localizzati lungo la costa delle tre isolette, ospitano piante rare ed interessanti come il Fiorrancio marittimo, il Senecione costiero, la Camomilla marina, oltre che diverse specie di Limonium.
Sull'Isola Grande la vegetazione spontanea appare chiaramente diversificata in cinture, a seconda della maggiore o minore distanza dal mare. Piccoli lembi di macchia sempreverde a Lentisco, Olivastro e Asparago pungente sono abbastanza frequenti nell'isola di Santa Maria e San Pantaleo, mentre nell'Isola Grande sono limitati ai tratti più interni ed elevati delle contrade Straboria, Altavilla e Carco. I bassi fondali dello Stagnone ospitano una ricca vegetazione marina costituita prevalentemente dalla Posidonia oceanica, nota volgarmente come «Triscina» , fanerogama adattatasi all'ambiente sommerso, dotata di robusti rizomi per l'ancoraggio al fondale e di lunghe foglie nastriformi. Questa specie forma qui caratteristiche formazioni ad atollo, che costituiscono un ecosistema di soggetti a continue inondazioni e ricoperti da uno spesso strato di cloruro di sodio, sono colonizzati dalla Salicornia amplessicaule, rara pianticella erbacea che forma qui popolamenti quasi puri; le zone più interne dei pantani e delle saline abbandonate ospitano invece una vegetazione più fitta composta da suffrutici con foglie succulente come la Salicornia radicante e la Salicornia glauca, alle quali si accompagnano specie erbacee come l'Erba franca annua e la Spergularia marina. Nelle aree rocciose più rialzate vivono altre specie anch'esse comunque legate ad habitat salmastri, come il caratteristico Limonastro cespuglioso, lo Sparto steppico, lo Statice densifloro. Numerosi sono gli invertebrati legati a questo ambiente, alcuni dei quali esclusivi dello Stagnone, come tre specie di molluschi nudibranchi recentemente scoperte ed alcune specie di spugne.
Nelle acque più a ridosso della costa la vegetazione sommersa è costituita dalla rara Zostera marina, mentre i canali delle saline e le paludi salmastre sono caratterizzati da ricchi popolamenti di Ruppia maritima della sottospecie spiralis. Qui si può osservare l'Aphanius fasciatus o Nono, piccolo pesce capace di vivere nelle acque dolci, marine e in quelle soprasalate delle saline, dove si raduna in genere in folti branchi composti principalmente da femmine. Infine di notevole interesse è la presenza di un piccolo ghiozzetto, ritenuto endemico, il Pomatoschistus tortonesei, scoperto nel 1968 dall'ittiologo inglese Miller.

Nella riserva e nella pre riserva si trovano tre vaste aree occupate da saline.
La più estesa è quella dell'Isola Lunga che costeggia la laguna ed è tra le più attive della provincia di Trapani con una produzione di sale di migliaia di tonnellate. Altra vasta area occupata dalle saline si trova a poche centinaia di metri dall'Isola di Mothia. In essa si trovano due mulini, uno dei quali lo scorso anno è stato restaurato, mentre per l'altro è già stato programmato il recupero. Anche queste saline fanno parte della riserva dello Stagnone.
Appartengono invece alla pre riserva le saline in disuso dell'ex Villa Genna e quelle prospicienti il Canalone. Si tratta di impianti ormai abbandonati sul piano produttivo, anche se sono ben visibili le strutture tipiche delle saline con le varie canalizzazioni. Per queste c'è già un interessamento del comune di Marsala per un recupero estetico e paesaggistico. Nell'isola di San Pantaleo, cuore della riserva, esiste un esempio emblematico di equilibrio perfetto tra paesaggio e passato storico. Questa condizione privilegiata inizia con Joseph Whitaker, appassionato cultore di archeologia e scienze naturali, che nei primi anni di questo secolo acquistò l'isola dai pochi contadini che la abitavano, per eseguire scavi archeologici e dedicarsi ai suoi hobby naturalistici. Le modifiche da lui effettuate al paesaggio consistono essenzialmente nell'impianto di una pineta, nell'espansione dei vigneti preesistenti e nella costruzione della palazzina con il suo piccolo museo archeologico, nel punto dell'isola in cui già esisteva qualche edificio rurale.
Il rosa caldo di queste case, il giallo acceso dei magazzini di pietra, sono i colori insulari di una architettura essenziale, tipica delle case più vecchie che si specchiano sullo Stagnone. Successivamente, protetta dai vincoli archeologico, ambientale e paesaggistico, l'isola si è conservata a dispetto dei tempi.

San Pantaleo è sede dell'antica Mothia, città fondata alla fine dell'VIII secolo a.C. dai Fenici; per la sua posizione favorevole ai commerci marittimi divenne ben presto una delle più floride colonie fenicie d'Occidente. Intorno alla metà del VI secolo a.C. infatti, vennero realizzate le maggiori opere pubbliche: le fortificazioni; la strada di collegamento con la costa antistante, ora sommersa, che conduceva alla località detta «Birgi»; il Cothon; l'ampliamento dei santuari. Tra questi ultimi il tofet, in cui venivano deposti i resti combusti di offerte e sacrifici umani al dio Baal Hammon, ha restituito più di mille stele scolpite.
La zona «industriale» della città, posta in un settore periferico lungo la costa settentrionale ed orientale per proteggere l'abitato dai fumi delle officine, è caratterizzata dalla presenza di numerosi forni da vasaio, la cui forma «ad omega» ricalca fedelmente quella dei più antichi forni della madrepatria.
Tra le diverse strutture urbane di servizio, il Cothon ne costituiva una delle principali: era questo un piccolo porto interno, usato per il carico e lo scarico delle merci e forse anche per la riparazione delle imbarcazioni. Gli approdi dell'isola erano situati invece lungo la costa settentrionale, dinanzi Porta Nord, il principale ingresso alla città. Qui si svolsero i più violenti attacchi nemici, che si conclusero nel 397 a.C. con la distruzione della città ad opera del tiranno Dionisio di Siracusa.
Nel corso di quella guerra le numerose e belle case di cui narra Diodoro Siculo vennero rase al suolo, la città fu abbandonata al saccheggio delle truppe e parecchie persone vennero massacrate. Gran parte dei superstiti allora abbandonò l'isola per fondare Lilibeo, l'odierna Marsala, sulla costa antistante; qualcuno rimase a Mothia, ma la città non risorse mai più allo splendore ed alla ricchezza dei suoi anni felici. Un vano segno di speranza ci è stato trasmesso dalla ormai famosa statua marmorea del cosiddetto «Giovane», scoperta nel 1979 sotto un cumulo di detriti, probabilmente nascosta dai Moziesi, nel timore che i Greci ne facessero bottino di guerra e nell'intento forse di ricollocarla in tempo di pace nel suo luogo originario.
 

IL GIOVINETTO (V SEC A.C.)

IL COTHON

L'abitato non è stato oggetto di scavi sistematici, e di esso si conoscono essenzialmente due case; la prima, adorna di mosaici pavimentali a ciottoli bianchi e neri, raffiguranti lotte di animali reali e fantastici, doveva appartenere ad un cittadino facoltoso; l'altra, denominata «casa delle anfore» per la presenza di un grosso deposito di anfore trovato al suo interno, sembra invece far parte del quartiere artigianale dell'isola.
Mothia non era certo l'unico luogo abitato dello Stagnone: testimonianze archeologiche sono state raccolte infatti a Birgi, Santa Maria e nell'Isola Lunga. Quest'ultima, in particolare, aveva probabilmente la funzione di avamposto della città per il controllo del mare aperto; Birgi invece era più ampiamente popolata, come hanno dimostrato i resti della grande necropoli, in parte scavata dal Whitaker, in parte distrutta nei secoli dalle arature dei campi.
Per tornare a Mothia, nel luglio del 1988 è stato riaperto al pubblico il Museo «G. Whitaker», il cui riallestimento museografico è stato curato dalla Sezione Archeologica della Soprintendenza per i Beni Culturali ed Ambientali di Trapani. Nel Museo sono esposti i reperti archeologici più importanti rinvenuti nell'isola, tra i quali spicca la statua del «Giovane», eccezionale capolavoro di arte greca del V secolo a.C.